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[转]R在终端的运行方法

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 《An Introduction to R》, 附录B4 “Scripting with R”。


1.在后台运行R
1.1创建file.R文件
1.2在文件首行键入:
#! /path/to/Rscript
1.3在下面的行中,键入R代码
1.4保存(记得有png(),jpeg(),…等函数的代码最后一定要有dev.off())
1.5在file.R的工作目录下,在终端中输入以下命令:
R CMD BATCH –args file.R
1.6 file.R被运行了!!!

优点: R命令行下打错命令后回车,之前的所有相关命令几乎全军覆没。如果不想发生这种情况,请写一个file.R文件。

缺点:R CMD BATCH 模式是让R在系统后台运行file.R,运行时微微地卡了2s。

2.创建R脚本
2.1创建file.R文件
2.2在文件首行键入:
#! /usr/bin/env Rscript
2.3在下面的行中,键入R代码
2.4保存(记得有png(),jpeg(),…等函数的代码最后一定要有dev.off())
2.5在file.R的工作目录下,在终端中输入以下命令:
R CMD BATCH –args file.R
或者Rscript file.R
2.6file.R被运行了!!!

优点: 比较前者不太占用系统资源, 而且可以在终端在直接运行,这样就可以和BASH语言在一起应用了。 具体如下:
chmod 755 file.R
./file.R                  #这种方式下,把file.R改为file.sh或file …,在Ubuntu下都能运行

3.在BASH脚本中插入R代码
3.1在file.sh文件中键入:
#! /bin/sh
R –slave [other option]<<EOF
# R代码
EOF
3.2在终端下运行
chmod 755    file.sh
./file.sh
3.3 file.sh被运行了,包括里边的R代码

优点: R代码能插在BASH脚本中运行,它就可以在其它更加强大的脚本中运行。事实上R-python已经成了python的一个模块了。

4.回归R环境
1,2中的file.R文件,无论有没有{#! …}都可以在R环境下以source()命令执行。
> source(“/home/***/R/file.R”)
这是在使用R的时候,最常用的方法。

 

参考:W. N. Venables, D. M. Smith and the R Development Core Team, 《An Introduction to R》附录B4 “Scripting with R”, 2010

更改linux下R的显示语言为英文

方法1:在/etc/R/Renviron文件中加入下面这一行: LANGUAGE = ‘en’

方法2:在R里面,敲入命令  Sys.setenv(LANG = “en”) ,即可。

方法3: echo “LANGUAGE=’en'” >> /usr/lib64/R/etc/Renviron   (在fedora 上的默认地址)

在其他linux 系统上,首先  locate Renviron, 找到Renviron的地址,然后在最后                 添加 LANGUAGE=’en’

 

几个linux软件的使用及相关问题

Lxy(WYSIWYM) 所见即所得的写作软件,基础是LaTeX,很标准很好用,不必记很多写作命令,可以把精力集中在文本写作上。
Gummi 一个简单的LaTeX编辑软件,小型化,初学LaTeX可以使用这个,其在windows下的版本也已发布。
关于R软件在linux下是否有GUI的问题,答案请参考http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=351721
自带是有的不过比较简陋 R –gui=Tk
可以下在GUI包,推荐JGR。
在推荐一个新的R软件GUI——RStudio

http://www.rstudio.org/download/desktop